科研簡(jiǎn)介： 1. 蛋白質(zhì)構(gòu)象變化的機(jī)制研究。 蛋白質(zhì)作為生命體內(nèi)重要的功能單元，在執(zhí)行生理功能時(shí)，其構(gòu)象通常會(huì)發(fā)生變化，以適應(yīng)特定的生理需求。深入探究蛋白質(zhì)構(gòu)象變化的機(jī)制，如折疊、去折疊、構(gòu)象轉(zhuǎn)換等，對(duì)于理解蛋白質(zhì)如何響應(yīng)外界刺激、執(zhí)行生物功能，以及參與疾病發(fā)生發(fā)展等方面具有重大意義。通過使用全原子和粗?；肿觿?dòng)力學(xué)模擬方法，我們能夠揭示蛋白質(zhì)構(gòu)象轉(zhuǎn)變的精細(xì)路徑，這不僅有助于闡明蛋白質(zhì)功能機(jī)制，還為靶向藥物設(shè)計(jì)提供了重要指導(dǎo)。 2. 蛋白質(zhì)與脂質(zhì)的相互作用研究。 脂質(zhì)不僅是細(xì)胞膜的重要結(jié)構(gòu)組分，還在調(diào)節(jié)膜蛋白功能方面發(fā)揮著關(guān)鍵作用。深入理解脂質(zhì)與蛋白質(zhì)的相互作用機(jī)制是當(dāng)前生物研究領(lǐng)域的一個(gè)重要課題。通過應(yīng)用全原子和粗?；肿觿?dòng)力學(xué)模擬方法，我們能夠精確定位蛋白質(zhì)和脂質(zhì)的結(jié)合位點(diǎn)，識(shí)別參與相互作用的關(guān)鍵氨基酸殘基，從而為解析膜蛋白與其周圍環(huán)境的復(fù)雜相互作用提供了重要見解。 未來我們團(tuán)隊(duì)將在上述工作的基礎(chǔ)上，進(jìn)一步整合對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能的理解，結(jié)合AI驅(qū)動(dòng)的分子設(shè)計(jì)、分子對(duì)接以及多尺度分子模擬等計(jì)算方法，開展廣泛且深入的蛋白質(zhì)功能機(jī)制研究，并希望為新藥研發(fā)帶來新突破。
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代表性論文： [1] Yang, S., Song, C.* Switching Gō-Martini for investigating protein conformational transitions and associated protein lipid interactions. J Chem Theory Comput 20, 2618–2629 (2024). [2] Dong, L., Yang, S., Chen, J., Wu, X., Sun, D., Song, C*., Li, L*. Structural basis of SecA-mediated protein translocation. Proc. Natl Acad. Sci. USA 120, e2208070120 (2023). |
