科研簡介: 一、單細胞數(shù)據(jù)建模與分析: 1.單細胞多模態(tài)數(shù)據(jù)整合建模:研究如何整合不同組學的單細胞數(shù)據(jù),構(gòu)建綜合模型以揭示細胞的多樣性和功能。 2.細胞發(fā)育軌跡推斷:探索單細胞數(shù)據(jù)中的動態(tài)變化,推斷細胞的發(fā)育軌跡和細胞類型轉(zhuǎn)變的過程。 3.細胞干性分析:研究細胞的干性特征和干細胞功能,揭示其在組織發(fā)育和疾病中的作用。 4.細胞類型注釋:開發(fā)機器學習、深度學習算法對單細胞數(shù)據(jù)中的細胞類型進行注釋和分類。 5.動力學建模分析:構(gòu)建動態(tài)模型來分析細胞系統(tǒng)中的時間序列數(shù)據(jù),揭示細胞動力學過程。 6.時空組學數(shù)據(jù)分析:研究整合時空信息的單細胞組學數(shù)據(jù)分析方法,揭示組織和器官的動態(tài)特征。 二、大數(shù)據(jù)分析與人工智能算法開發(fā): 1.人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)架構(gòu)設(shè)計:設(shè)計和改進人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的架構(gòu),提高其在生物信息學中的應(yīng)用效果。 2.基于深度學習的生物醫(yī)學圖像建模:利用深度學習算法,研究和開發(fā)用于生物醫(yī)學圖像分析和建模的方法。 3.Linux高性能加速集群架構(gòu):研究和優(yōu)化在Linux集群上進行高性能生物信息學數(shù)據(jù)處理和分析的架構(gòu)和算法。 三、生物信息學分析軟件與流程開發(fā): 1.關(guān)聯(lián)分析模型:開發(fā)和應(yīng)用關(guān)聯(lián)分析模型,揭示基因、變異、表型、疾病之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系。 2.經(jīng)典生物信息分析流程:開發(fā)和優(yōu)化轉(zhuǎn)錄組、基因組、微生物組等經(jīng)典生物信息學分析流程,提供高效準確的數(shù)據(jù)處理和分析方案。 |
代表性論文: 1. Meng R, Yin S, Sun J, Hu H*, Zhao Q*. scAAGA: Single cell data analysis framework using asymmetric autoencoder with gene attention. Comput Biol Med. 2023 Oct;165:107414.(中科院數(shù)學與計算生物學1區(qū),IF=6.698,通訊作者) 2. Hu H, Feng Z, Lin H, et al., Identifying SARS-CoV-2 infected cells with scVDN, Front. Microbiol., 2023 Jul 10;14:1236653.(中科院生物學2區(qū)top,IF=6.064) 3. Hu H, Feng Z, Lin H, et al., Gene function and cell surface protein association analysis based on single-cell multiomics data, Comput. Biol. Med., 2023 Mar 1(中科院數(shù)學與計算生物學1區(qū),IF=6.698,Highly Cited Paper) 4. Hu H, Feng Z, Lin H, et al., Modeling and analyzing single-cell multimodal data with deep parametric inference, Brief Bioinform., 2023 Jan 19;24(1):bbad005.(中科院數(shù)學與計算生物學1區(qū),IF=13.994) 5. Hu H, Liu R, Zhao C, et al., CITEMOXMBD: A flexible single-cell multimodal omics analysis framework to reveal the heterogeneity of immune cells, RNA Biol, 2022 Jan;19(1):290-304.(中科院生物學3區(qū),IF=4.766) 6. Liu R, Hu H, McNeil M, et al., Dormant Nfatc1 reporter-marked basal stem/progenitor cells contribute to mammary lobuloalveoli formation, iScience, 2022 Feb 26;25(3):103982. (中科院綜合性期刊2區(qū),IF=6.107) 7. Hu H, Zhang L, Ai H, et al., HLPI-Ensemble: Prediction of human lncRNA-protein interactions based on ensemble strategy, RNA Biol., 2018;15(6):797-806.(中科院生物學3區(qū),IF=4.766) |